穆塞韦尼出生于乌干达一个牧牛人家庭，他赶上了独立之后的教育大发展在非洲本土国家坦桑尼亚接受了大学教育。坦桑尼亚独立后，尼雷尔一直坚持社会主义方向，达累斯萨拉姆大学也开设很多这方面的课程。穆塞韦尼研究的方向就是如何在后殖民时代的非洲实行社会主义。

当时全世界涌动着社会主义浪潮，即便到欧洲去学习，也都是以社会主义武装头脑。在非洲就读虽然也学习社会主义，但与欧洲的书本式传播不同，它很贴合非洲的实际情况。穆塞韦尼在大学里没有变成一个食古不化的老学究，反而极具现实精神，愿意依据现实条件做出政策调整。

大学过后，穆塞韦尼还参加过非洲式的社会实践活动。当时，非洲的葡萄牙殖民地莫桑比克还没有完全独立，穆塞韦尼就被派到了那儿去学习游击战。在社会实践中，他熟悉了枪械和战争，这让他从一个大学生转变成了一名战土。

毕业后，乌干达恰好处于阿明的统治之下。阿明主要依靠北方人统治，南方便开始了对他的反抗。乌干达的南方与坦桑尼亚接壤，两国人民有着千丝方缕的血缘关系。由于在国内待不住，南方的游击队就把大本营设在了坦桑尼亚境内。

最初，坦桑尼亚对于游击队并不在意，他们没有试图限制游击队发展，甚至还同情游击队，给他们支援。游击队在坦桑尼亚的默许下，向乌干达境内挺进试图推翻阿明，但吃了败仗。坦桑尼亚遭遇了极大的压力，于是在索马里的调停下，与阿明和解了。

坦桑尼亚开始控制乌干达游击队在本国的活动。游击队没有消亡，却逐渐变成了坦桑尼亚手中听话的工具。坦桑尼亚试图让游击队支持乌干达前总统奥博特，但穆塞韦尼却认为，奥博特也是一个北方人，不算是真正的南方政权从这时开始，穆塞韦尼脱颖而出，成了游击队中的少数派领柚。

年，为了转移国内矛盾，阿明入侵了坦桑尼亚，却遭到了坦桑尼亚的报复，最终在战争中倒台。坦桑尼亚扶持了前总统奥博特。奥博特回到国内建立了一个不受欢迎，特别是不受南方人欢迎的新政权。穆塞韦尼的时机到了。

穆塞韦尼从坦桑尼亚回到国内，立刻在南方组织了一支反政府武装。这支武装与其他的游击队区别在于，它从一开始就不仅仅是一支游击队，而是一个政治与军事的结合体。首先，穆塞韦尼成立了一个党派叫“全国抵抗运动”。在党派之下设立军队——全国抵抗军。这种架构的设置就是告诉人们，武力本身不是目标，目标是夺取政权之后的建设。

在政治上，穆塞韦尼提出了十条纲要，包括：第一，将来国内要实行民主反对独裁；第二，人民生活最重要的是安全；第三，保证安全和发展，必须做到全国的统一和团结；第四，保持全国的独立，不依附于外来势力；第五，要实现这些目标，最重要的是发展经济，建立一个独立、复合、自给自足的经济体；第六，加强社会公众服务；第七，消灭腐败和权力滥用；第八，消灭不平等；第九与其他非洲国家合作共赢；第十，不刻意实行社会主义，而是发展混合经济。

这十条纲要本身是一个递进的过程，最后一条的不刻意实行社会主义，可以看出秘塞韦尼的现实主义精神。即便他本人是学习马列主义出身，却并不依赖这些教条，而是随时根据实际情况来制定政策。

穆塞韦尼的游击队取得了重大胜利，奥克罗将军推翻了奥博特，建立了新政权。

周围的国家并不喜欢穆塞韦尼，乘机开始撮合，希望奥克罗能够通过谈判将穆塞韦尼引入政府，结束分裂。这其中，坦桑尼亚一直支持奥博特，自然不喜欢穆塞韦尼。对奥博特和奥克罗支持最大的是扎伊尔的蒙博托，他已经感觉到，如果穆塞韦尼夺取了政权，会成为扎伊尔最大的敌人。他帮助穆塞韦尼的反对派训练军队，并提供支援以阻止穆塞韦尼上台。

对穆塞韦尼提供了决定性支援的，反而是一群流亡者，他们是邻国卢旺达逃难来的图西族难民。在这些难民的帮助下，穆塞韦尼取得了政权。这些在乌千达获得了高级军职的图西族人，后来成了推翻卢旺达胡图族政权、结束屠杀的主要人物。