莫桑比克有三大港口和七个中小型港口，是非洲转口贸易区。

1．马普托（Maputo）港

海湾河口港、设有转口区。

位于莫桑比克东南沿海圣埃斯皮里托（ESPIRITOSANTO）河口，地处马普托湾的西岸，濒临印度洋的西南侧，是莫桑比克的最大海港，始建于年，由于年通往南非的铁路建成后，该港迅速发展起来，成为东非的最大港口之一。该港的腹地除莫桑比克南部外，还包括津巴布韦、南非及斯威士兰等地。

该港属热带草原气候，年平均最高气温为30摄氏度，最低气温为14摄氏度。全年平均降雨量约mm，12月至次年2月为雨季。大潮为3.4m，小潮为2.4m。

港区由9千米长的深水航道与外海相连，港区面积30平方千米，港区岸线长米，最大水深为12.8米。有25个泊位，设有糖、矿石、煤、钢材、石油和集装箱等专用码头，装卸设备有各种岸吊、可移式吊、集装箱吊、重吊、装船机、输送带及拖船等，其中岸吊最大起重能力为60吨，重吊达80吨，拖船的功率最大为kW。港区有散杂货堆场容量达43万吨，集装箱可储存TEU，油罐容量为20万吨。装卸效率：谷物每天吨，煤每天装吨，糖每天卸1万吨。

年吞吐能力为万吨。港内有铁路同向南非、津巴布韦和斯威士兰。马普托港转口区始建于年。

由于莫经济困难，港口管理不善，设备老化失修，加之周边国家过境货物锐减，使该港口的使用率仅为40%，原来可停靠6万吨级船，现在只能停靠3万吨级船。在节假日中元旦不工作，其余节假日仍正常工作。

2．贝拉（BEIRA）港

位于莫中部，年吞吐能力为万吨，是莫第二大港口，有10个泊位，水深8-10米，码头总长多米，设有矿石和糖等专用码头，可容纳5万吨级货轮。港内铁路通往津巴布韦和马拉维。

现进港航道淤积严重。目前贝拉港只有一艘挖泥船，挖掘能力为立方米。要保持进入港口的航道深度达到8米，挖掘能力需达到立方米。日本政府同意在年赠送莫一艘挖掘能力为立方米的挖泥船。

3．纳卡拉（NACALA）港

位于莫北部，年吞吐能力为80万吨，是莫第三大港口，有6个泊位，水深7-15米，码头总长米。港内铁路通往马拉维。

另伊尼扬巴内（Inhambane）、克利马内市（Quelimane）和彭巴（Pemba）、安戈谢（Angoche）、等七个中小港口，规模均很小，只能停靠万吨级海轮。